小肠炎的治疗方法有很多，患者可以根据实际情况进行选择。在急性发作期，患者应该注意休息，严格禁食，可服用解痉药来止痛;轻症患者可以通过抗菌、补液、抗休克治疗来缓解症状;出现肠穿孔等严重并发症的患者可以选择做外科手术。
小肠炎的治疗以保守治疗为主，同时加强全身支持疗法，如果患者发病前曾摄入不洁饮食，往往起病急骤，可以先采取休息、禁食的治疗措施，直到呕吐、腹泻、腹痛等症状得到缓解，再摄入流质饮食，逐渐加量至恢复正常饮食，腹痛剧烈者可以应用解痉药。
部分小肠炎患者会出现比较严重的腹泻症状，甚至每天排水样便可达十多次，这类病人需要通过补液治疗来纠正水电解质紊乱，比较常见的注射液为葡萄糖、生理盐水、氯化钾等等。有大量便血症状的患者还需要进行抗休克治疗，迅速补充循环血容量。
小肠炎患者可以通过应用氨基苄青霉素、舒氨西林、卡那霉素、氯霉素等抗生素来控制肠道内感染，减轻症状。如果患者合并肠穿孔、严重肠坏死、肠梗阻等并发症，或者腹腔内出现脓性或血性渗液，可行病变肠段切除术、肠外置术等手术治疗。
