小肠炎的症状与致病原因有一定的关联，主要包括上腹部不适、腹痛、腹泻等消化道症状。如果是微生物感染引起的，患者还会有持续性低热、排黏液脓血便的表现;如果腹泻症状比较严重，或者出现急性出血等并发症，可引起面色苍白等严重脱水的症状。
小肠炎主要是由病原微生物感染、机体免疫机制异常、物理损伤、肠道缺血、滥用药物等引起的，病因不同，表现症状也存在一定的差异，最常见的临床表现为腹痛、腹泻、腹胀等症状。
小肠炎患者的腹痛一般呈阵发性或持续性钝痛、绞痛，位置不确切。如果是病毒、细菌、真菌、结核分枝杆菌等引起的感染性小肠炎，患者可能还会出现发热、腹泻的症状，粪便呈糊状或水样，病情较轻者的腹泻频率可能在每天三到四次，症状较重者甚至可达十余次，需要进行补液治疗，预防脱水。
部分小肠炎患者会出现恶心、呕吐、便血的症状，如果短时间内出血量很多，可表现出低血压、心率加快、面色苍白、肢体发冷等休克症状。如果小肠炎合并肠穿孔、肠梗阻、肠出血等并发症，但是内科治疗效果不佳，可考虑将病变肠段切除。
