胃食管反流的原因有很多，主要包括以下几点：第一，抗反流屏障和功能受损，可能由贲门手术、妊娠、滥用药物等原因引起;第二，食管的廓清功能减弱，多与唾液分泌减少、饭后平卧等因素有关;第三，食管黏膜的抵御能力下降，多由不良饮食习惯引起。
正常人的食管和胃交界处的下食管括约肌、膈肌以及附近的韧带等会组成具有防御作用的抗反流屏障，但如果患者曾经做过贲门手术，或者因妊娠、肥胖、腹腔积液等原因出现腹内压升高的情况，可导致食管下括约肌结构受损，无法防止胃内容物逆流入食管。
在唾液的中和作用和食管自身蠕动的情况下，绝大多数的反流物都可以被清除，如果病人患有干燥综合征，平时的唾液分泌量减少，或者病人经常饭后立即平躺，都可以导致食管蠕动功能减弱，部分反流物残留在食管内，引起食管炎。
部分患者嗜好烟酒，或者偏食辛辣刺激性食物，比如长期摄入咖啡、浓茶等，食管黏膜就会受到不同程度的损伤，食管上皮细胞的修复能力减弱，防御力下降，即使抗反流屏障没有受损，也可以形成胃食管反流病，引起反酸、烧心的症状。
