枯草杆菌不可以长期吃。一方面是没有必要在症状缓解后继续使用，肠道有一定的自我调节作用，患者主要还是应该保持营养均衡的多样化饮食;另一方面，有活性的枯草杆菌会抢占肠道中的游离氧，从而消灭部分细菌，可能会造成肠内菌群失调。
常见的枯草杆菌产品为枯草杆菌胶囊和枯草杆菌二联活菌颗粒等活菌制剂，具有净化肠内环境、调节肠道菌群等功效，适用于功能性消化不良、腹泻、腹胀、便秘等患者。
枯草杆菌是一种好氧菌，当活菌进入人体肠道后，会迅速消耗肠道内的游离氧，抢占其它微生物的氧气以供自己生长和繁殖，造成肠道低氧，抑制了部分有害病菌生长。在有效提高营养物质的利用效率的同时，枯草杆菌还能产生抑制细菌、病毒等病原体生长的脂肽类抗菌物质，或依附在病原真菌的菌丝上，最终消解菌丝体，达到抗菌、溶菌目的。
一般情况下，如果病人用药三到七天后仍然没有明显效果，说明不适症状可能不是肠道菌群失调引起的，建议先去医院明确病因，然后对因、对症治疗。当患者的症状完全缓解后就应该停止用药了，以免破坏肠道菌群平衡。
