在临床上，小肠的发病率远远低于胃和结肠，只有当胃和结肠中找不到病因的情况下，才会进一步检查小肠。检查小肠主要通过胶囊内镜进行检查，而胶囊内镜的费用比较昂贵、检查周期也比较长，一般的医疗机构并没有完善的检查设备。
因为小肠是一个很少生病的器官，无论是炎症性的疾病还是肿瘤性的疾病，其发病率都远远低于胃和结肠。因此，只有病因在胃和结肠中没有找到的情况下，才会进一步的检查小肠，如消化道的出血，经过了胃镜和结肠镜的检查均没有找到出血灶，这个时候就需要考虑是否为小肠出血，才会进一步的检查小肠。
检查小肠的手段包括胶囊内镜、小肠镜以及腹部CT。通常在行腹部CT的检查，确认了没有肠腔的狭窄、梗阻等因素之后，可以行胶囊内镜的检查，胶囊内镜如果发现了异常需要明确病变的性质，再需要行小肠镜的检查取活检。
而小肠的检查的胶囊镜的费用比较昂贵，检查周期长，设备昂贵，一般医疗机构没有这种设备。另外，检查项目的决定是根据病人的具体病情来判断。
