慢性肠炎由于病因、病程的不同，再加上个体差异，每个人的用药方案也可能存在很大差异，因此并不存在最好的治疗方法。除了常规的非处方药物可以暂时用于缓解症状之外，其它药物均应在医生指导下使用。如果想要确保药物治疗效果，必须到医院面诊。
1、对症治疗
慢性肠炎是指所有慢性的肠道炎症，不管病因如何，其症状往往都有相似之处，比如腹泻、腹胀、腹痛、便秘等症状是非常常见的。对于这一类的症状，医生往往会给予一些对症的药物来帮助缓解不适，比如肠痉挛引起的腹痛，医生会给予解痉药;比如腹泻的患者，医生会给予止泻药
2、对因治疗
慢性肠炎的病因众多，有些肠炎甚至是病因比较复杂或者尚未完全明确，比如克罗恩病或肠易激综合征等。对于病因明确的肠炎，可以给予一些消除病因的药物。以细菌性肠炎比较常见，可以口服抗生素，能够取得较好的效果。
3、中药治疗
中药治疗有其独特的优势，其并非是单纯消除症状，而是从整体治疗的观念出发，调整好肠胃的状态。中药治疗需要辨证论治，根据患者的体质来开具处方，方药变化较多。慢性肠炎患者配合中药治疗，能够减少西药治疗的副作用。
