肠炎按病程长短不同，分为急性和慢性两类。急性肠炎一般治疗较快，可以通过口服药物来进行治疗，治疗周期也较短。慢性肠炎表现为长期或反复的腹痛、腹泻及消化不良等症状，慢性肠炎治疗周期较长。肠炎治疗痊愈后仍需要保持良好的饮食习惯等。
患有细菌性肠炎最好根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。患细菌性痢疾时，因痢疾杆菌对常用抗菌药广泛耐药，一般可在医生的指导建议下选用复方磺胺甲基异唑、吡哌酸、庆大霉素、丁胺卡那霉素等。病毒性肠炎只需服用蒙脱石散等药物来减轻腹泻的症状，一般情况下可自愈。
肠炎患者还需补充液体及纠正电解质和酸中毒。轻度脱水而且呕吐不重者，可口服补液，如氯化钠、碳酸氢、氯化钾、葡萄糖等。肠炎并伴有脱水或呕吐较重者，可静脉输入生理盐水、等渗碳酸氢钠和氯化钾溶液以及葡萄糖来缓解脱水症状。
可以在医生的指导下使用减少肠道蠕动和分泌性药物。可小量应用阿托品、颠茄、普鲁本辛以减轻肠道蠕动，可止痛及止泻。也可应用氯丙嗪等有镇静作用的药物，并可抑制肠毒素引起的肠黏膜过度分泌，使大便次数及便量减少。
