回肠末端溃疡的治疗方式主要包括药物治疗、一般治疗和手术治疗。其中，药物治疗是指遵照医嘱使用氨基水杨酸制剂、抗菌药、解痉药等药物;一般治疗主要是指培养良好的饮食和生活习惯;病情较重或反复发作的患者可考虑行手术治疗。
回肠末端溃疡的治疗以药物治疗为主，症状较轻者可以应用氨基水杨酸制剂，比如美沙拉嗪、奥沙拉嗪等药物，它们能够有效抑制肠壁炎症，保护肠黏膜。病人可以根据实际情况选用口服、纳肛、泡沫剂灌肠等给药方式，严格控制用药剂量，部分患者会出现食欲减退、恶心、头痛等不良反应，可在停药后缓解。
由于回肠末端接续大肠，分布着大量细菌，患者应该适当进行抗菌治疗，防止溃疡面被细菌侵入后出现脓肿甚至是穿孔，比较常用的药物有甲硝唑、环丙沙星等等。
如果回肠末端溃疡患者还有严重腹泻、腹痛等症状，可以服用解痉药和止泻药，部分病人因消化吸收障碍而营养不良，需要适当补充铁剂、钙剂、叶酸、维生素等营养物质。
另外，回肠末端溃疡与不规律的饮食和生活习惯有很大关系，在日常生活中，患者应该调整饮食结构，培养规律的作息习惯，尽量保持愉悦的心情。如果以上保守治疗方法的效果都不明显，可以行腹腔镜手术，或者直接将病变肠段切除。
