根据反流性胃炎的病因，主要可以从两方面进行治疗。一是保护胃黏膜，比如使用胃黏膜保护剂等药物，以及吸附胆汁的药物，减少对胃黏膜的进一步损伤。二是改善消化功能，促进消化系统正常运转，减少反流的出现。症状严重的患者可以进行手术治疗。
反流性胃炎常见的就是胆汁反流，原发性的胆汁反流性胃炎，通常是肝胆疾病、消化道疾病引起的，比如胆囊疾病、消化道溃疡等。这类疾病一般是长期不健康的生活习惯造成的，比如喝酒、暴饮暴食、吃的食物不健康等。继发性的胆汁反流性胃炎通常是手术引起的，比如手术破坏了幽门结构，破坏了抗反流屏障。
针对反流性胃炎致病原因，在治疗上通常从两方面进行，一是保护胃黏膜、减少伤害，主要可以通过使用药物吸附胆汁，控制胆汁的分泌和排泄。其次就是要改善消化状态，促进肠胃正常运转，减少出现反流，同时提高食欲。
对于症状比较严重的，或者经过了一段时间药物治疗效果不明显的，可以选择手术治疗。还可以选择中医的治疗，比如黄连温胆汤、大柴胡汤等，对于胆汁反流性胃炎都是有效的。胆汁反流性胃炎复发率较高，所以最根本的治疗原则就是改善生活方式，养成健康的饮食习惯。
