胃肠型感冒和急性肠胃炎最主要的区别就是发病原因不同。急性肠胃炎是由于不洁饮食或者细菌感染所造成;而胃肠型感冒主要是由于病毒感染引起。其次两者的症状也有一定的区别，胃肠型感冒除了伴随消化系统的症状，还会出现呼吸系统的症状，比如鼻塞等。
急性肠胃炎主要是指肠胃黏膜的急性炎症，主要可能是由于不洁的饮食、暴饮暴食，或者摄入生冷食物引起，一般多发于夏、秋季节。其主要临床症状表现为腹泻、恶心、呕吐等消化系统的症状。严重的患者可能会出现发热、脱水等现象。
胃肠型感冒多半是由于病毒性感染引起，不洁饮食后、暴饮暴食等可能会促使病情加重。胃肠型感冒除了消化系统的症状，还会出现呼吸系统的症状，比如鼻塞、流涕、咳嗽等。多发生于季节交替的时候;免疫功能比较差，或者消化道防御功能比较差的人群，更容易引起。
区别两者最主要的就是询问、查清病史，可以根据病史来判断。如果短时间内没有进食冷饮、不洁的食物，或者根据自身的症状，服用治疗急性肠胃炎的药物以后，症状没有得到好转，就基本可以判定为肠胃型感冒。
