肠胃感冒可以吃非甾体类抗炎药来缓解发热、头痛的症状，吃伪麻黄碱来减轻鼻塞、流涕的症状，有严重腹泻表现的病人还可以吃蒙脱石散来保护消化道黏膜，同时需注意补充水分和电解质。有免疫缺陷者还应使用利巴韦林、干扰素等广谱抗病毒药物。
肠胃感冒的主要病因是病毒感染上呼吸道，临床上没有特效的针对病原体的治疗方法，一般以对症用药治疗为主。
如果患者出现发热的症状，可以口服尼美舒利等非甾体类抗炎药，这种药物具有解热、镇痛、抗炎的作用，不会对胃粘膜的屏障作用产生较大影响，与阿司匹林、布洛芬等传统抗炎药相比，引发消化道出血等不良反应的风险较低。
如果患者有鼻塞、流鼻涕等表现，可以吃伪麻黄碱，该药可以使鼻黏膜血管收缩，阻止血浆进入鼻黏膜组织间隙，但高血压、甲亢、糖尿病、前列腺肥大患者不宜服用伪麻黄碱，以免造成严重不良反应。
一般情况下，人体自身免疫系统可以清除病毒，不需要额外进行抗病毒治疗，但如果患者有免疫缺陷，应该在医生的指导下使用利巴韦林、奥司他韦等抗病毒药物，绝大多数患者可以在五到七天内痊愈，且预后较好。
