长期口臭不一定是幽门螺杆菌感染的原因，还可能是口腔疾病或其它肠胃疾病引起的，比如牙周病、牙龈炎，或者是滥用非甾体类抗炎药引发的胃溃疡等。如果患者没有睡前清洁口腔的习惯，晨起时也可能会出现口气，这类口臭可以通过改善卫生习惯来缓解。
口臭的原因有很多，如果患者只是晨起时口臭，清洁口腔后很快就能恢复正常，说明只是生理性口臭，与个人卫生习惯有关;如果患者口腔内的组织或消化道发生病理改变，也可能会出现病理性口臭，可能是幽门螺杆菌感染引起的，也可能是牙周病或其它胃肠道疾病引起的。
幽门螺杆菌感染可以导致胃炎、胃溃疡等疾病，患者可能会出现消化不良、胃粘膜糜烂、胃排空延迟等表现，积滞在胃内的食物就会发酵，产生大量气体，比如胃肠道细菌分解食物产生过多的硫化物质，这些气体如果不能向下排出，积聚过多，就会顺着消化道从口腔排出。
牙周炎等口腔疾病也可以引起口臭，如果患者睡觉前没有清洁牙齿，在无氧状态下，牙缝中存在的食物残渣就会被口腔中的厌氧菌分解，产生挥发性硫化物，也就是口气。
