萎缩性胃炎的治疗原则是保护胃黏膜、促进胃动力，可以配合中药来进行整体的调理、健脾化湿，促进胃肠功能的恢复。使用药物的同时还要注意饮食习惯，不吃辛辣刺激的食物，不饮酒抽烟，平时吃饭的时候最好要细嚼慢咽，少食多餐。
萎缩性胃炎因为腺体萎缩，导致胃分泌物减少，胃的消化功能会减弱。萎缩性胃炎从病理上讲是无法治愈的，从临床上讲，轻度的患者是可以治愈，如果发展成肠化生不典型增生，就无法完全治愈。慢性萎缩性胃炎如果长期不治疗，会出现严重的后果，会导致胃癌的发生，
慢性萎缩性胃炎主要是对症治疗，但是难以使萎缩性病变逆转。在西药治疗中主要胃消除病因，根据病情选择，不要使用损害胃黏膜的药物，积极治疗相关疾病和感染病灶。慢性萎缩性胃可以使用抗幽门螺杆菌药物、抑制胃酸药物、胃黏膜保护剂、促进胃动力药物和精神心理药物。
胆汁反流是萎缩性胃炎的重要致病因素，所以可以用硫糖铝、威地美、消胆胺和铝碳酸镁等治疗胆汁反流。萎缩性胃炎多半有胃酸分泌障碍，可以使用卡尼汀、摩罗丹等恢复萎缩腺体的胃酸分泌功能。
