长期吃益生菌的危害主要体现在破坏肠道菌群平衡、扰乱肠内环境等方面。科学合理地使用益生菌有助于防治疾病、提高机体免疫力，但是长期过量吃益生菌可能会给病人的肠胃增加负担。患者平时可以通过摄入含益生菌的食品来代替口服益生菌制剂。
益生菌泛指能够定殖于人体肠道并对宿主产生有益影响的活性微生物，临床上常用的益生菌制剂包括地衣芽孢杆菌活菌胶囊、乳酸菌素片、双歧杆菌微生态制剂、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等。
益生菌制剂的主要作用为调节肠道菌群比例，人体最早的正常肠道菌群来自母乳喂养，随着年龄的增加，人们的饮食越来越丰富，各种食物在肠道内自然发酵，有益菌、有害菌以及中性菌就会在肠道内共生，处于平衡状态。
长期摄入人工合成的益生菌会导致某一种或几种益生菌数量大量增加，比如长期过量服用地衣芽孢杆菌产品，这种好氧菌会与肠道内的原生菌群争夺氧气，如果有益菌一直增加，而有害菌和中性菌一直减少，患者可能会出现腹泻、便秘等不良反应。因此，当患者的便秘、腹泻、消化不良等胃肠道症状消失后，就没有必要再继续使用药剂了。
