地衣芽孢杆菌多久见效，与病人的具体病情密切相关。一般而言，如果患者的胃肠道症状是由肠道菌群失调引起的，用药三到七天即可见效，症状较重者两到四周也可以基本恢复;如果患者的肠胃出现器质性病变，吃地衣芽孢杆菌活菌胶囊效果不大。
地衣芽孢杆菌活菌胶囊又名整肠生，是一种益生菌制剂，主要用于细菌或真菌引起的急慢性肠炎以及腹泻，也可用于肠道菌群失调引起的其它症状的防治。一般情况下，连续用药三到七天后可以出现比较明显的效果。但如果患者的不适症状是器质性病变引起的，只吃地衣芽孢杆菌活菌胶囊是不够的。
当患者服用整肠生后，地衣芽孢杆菌活菌会定殖于宿主的肠道内，这种好氧菌会迅速消耗肠内游离氧以供自身生长和繁殖，促进双岐杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益厌氧菌的繁殖，间接地抑制葡萄球菌等致病菌的生长，从而达到调节肠道菌群的目的。
如果患者是第一次使用地衣芽孢杆菌活菌胶囊，服用剂量应该加倍，吞咽困难者可以将胶囊中的颗粒兑入少量温水或奶液中饮用，但温度不应高于四十摄氏度。如果患者使用该药物的同时还服用抗生素，至少应该间隔三个小时用药，否则活菌会被抗菌药物灭杀，使治疗效果减弱。
