一般来说，补钙的时候尽量要避免与益生菌或者其它药物同时服用。因为常用于口服的钙质主要指的是葡萄糖酸钙，钙质在有机酸存在的情况下容易形成沉淀。益生菌中也可能会含有机酸，可能会导致钙片的补钙效果大打折扣，不建议钙片与益生菌一起服用。
益生菌和钙片这两种药物其实是没有任何禁忌的，也不会有相克的情况发生的，这两种药物是可以同时摄入的，如果益生菌制品中含有有机酸，最好不要一起使用。 使用含有益生菌制剂，要注意使用温开水服用，以免益生菌死亡失效。
益生菌不能与抗生素同服。抗菌素尤其是广谱抗菌素不能识别有害菌和有益菌，所以它杀死敌人的时候往往把有益菌也杀死了。这时候或者过后补点益生菌，都会对维持肠道菌群的平衡起到很好的作用。如果必须服用抗生素，服用益生菌与抗生素间隔的时间不应短于2～3小时。
3.1岁以上的宝宝，可以喝益生菌酸奶。特别是有食欲不振、便秘、经常腹泻或消化不良的宝宝，长期选择益生菌酸奶还能调节胃肠功能。喝酸奶后，若发生腹部不舒服或腹痛、恶心、呕吐，应立即停止饮用。
如果没有消化不良、腹胀、腹泻或存在其他破坏肠内菌群平衡的因素，不提倡额外摄入过多的益生菌制剂。益生菌的食物有纤维、乳糖、淀粉、寡糖，益生菌的发酵产物等成分;所以在补充益生菌的同时，应多吃根茎类蔬菜、水果及海藻等食品，就等于在肠子里布置一个它们喜欢生长的环境。多数的益生菌并不喜欢肉类和葡萄糖，如果含益生菌的食品中含有过多的糖分也会降低菌种的活性。
