长期喝乳酸菌的危害主要体现在扰乱肠道环境、破坏肠内微生态平衡等方面。适量补充乳酸菌可以促进肠胃蠕动，帮助肠道消化和吸收营养物质，但过量摄入乳酸菌会导致人体脏器负荷加重，出现益生菌依赖症。如果患者长期大量饮用酸奶，可能会脾胃虚寒。
乳酸菌因为能够利用可发酵碳水化合物产生大量乳酸而得名，广泛分布于人体肠道内，具有重要的生理功能，包括促进机体生长、抑制腐败菌生长、提高人体免疫力、维持肠内微生态平衡、改善胃肠道功能、控制内毒素等。
如果患者由于肠内菌群失调而出现腹泻、便秘、功能性消化不良等胃肠道症状，可以通过适量使用乳酸菌产品来调节肠道菌群，增强肠胃蠕动能力，当症状得到缓解之后，就没有必要再继续用药了。长期使用微生态制剂不仅不会持续产生积极作用，还可能会破坏肠道菌群的平衡以及稳定性，扰乱肠道环境。
如果患者偏食酸奶，可以有节制地适量饮用，或选择普通的酸奶。任何食物都应该适量摄入，长期大量饮用酸奶可能会导致胃酸过多，使患者脾胃虚寒，出现腹胀、食欲不振等症状。另外，酸奶本身有一定的热量，过量饮用可能会引起体重增加。
