乳酸菌和益生菌都是特别好的，益生菌包括了部分乳酸菌，这两种是没有太大区别的。但是益生菌在制作工艺和储存技术上，要严谨得多。并且益生菌对胃酸和不利环境的耐受性比乳酸菌要强，益生菌能到达肠道，并定植于人体肠道中，发挥有益的作用。
乳酸菌在自然界分布极为广泛，对人类生活有益的乳酸菌有双歧杆菌、乳杆菌、链球菌、明串珠菌等，它们被大量应用于乳制饮品中。并不是所有的乳酸菌都有益，也有一些乳酸菌对人体是有害的。益生菌是定植于人体肠道、生殖系统、口腔等器官的一类活性微生物的总称，它能改善人体微生态平衡、发挥有益作用。益生菌包括了部分乳酸菌，而乳酸菌不全是益生菌。
乳酸菌饮品在生产过程中时的确加入大量乳酸菌，但是在运输、储藏和销售的过程中可能已经被消耗光了，那么这种饮品的乳酸菌效果就会大打折扣;另外，乳酸菌饮品经过经过长途跋涉，加上胃酸和胆汁的“洗礼”，还没到肠道就已经消耗完了，对人体并没有产生太大的作用。
而益生菌作为膳食补充剂，在制作工艺和储存技术上，要严谨得多，并且益生菌对胃酸和不利环境的耐受性比一般的乳酸菌要强，能活着到达肠道，并定植于人体肠道中，发挥有益的作用。由此看来，在维持肠道健康、提高抵抗力方面，益生菌保健品比乳酸菌制品要好很多。
