目前暂时没有确切证据表明新型冠状病毒可以通过消化道传播，但是防控工作必须充分考虑经消化道传播的可能性。临床医生一定要针对患者呕吐物、排泄物等做好个人防护，轻症患者居家隔离时，必须重视手部卫生和食物清洗，做好消毒工作。
随着新型冠状病毒的发展，中科院武汉病毒研究所石正丽研究员实验室的研究团队从新型冠状病毒感染者的粪便和肛拭子中发现病毒核酸，这证明除呼吸道飞沫传播和接触传播等主要传播方式以外，还存在粪—口传播的可能性。
粪—口传播也被称为经消化道传播，新型冠状病毒很有可能能够在粪便之中存活，可以通过消化道排出的粪便进行传播。如果这些携带新型冠状病毒的粪便污染了食物或者水源，可能会导致其他人群病从口入。比较常见的通过粪—口途径传播的疾病有甲肝、伤寒、手足口病等，还包括一些寄生虫疾病，比如蛲虫病、蛔虫病。
即使目前还不能确定能否通过进食被病毒污染的食物或水而引起感染或传播，风险防范也是必须的。研究人员建议，临床医师需要高度关注新型冠状病毒确诊患者临床表现，针对患者呕吐物、粪便等做好个人防护。轻症患者居家隔离时，饭前便后要做好手部卫生，注意个人隔离防护和家庭消毒。
