多囊肾和肾囊肿的区别主要在于病因、分布以及预后上。肾囊肿是一种后天性疾病，而多囊肾则是先天遗传性疾病。肾囊肿在大部分情况下只需要定期复查，必要时手术治疗即可;而多囊肾在临床上无法治愈，随着时间的发展，最终会进展为尿毒症。
肾囊肿是一种后天性肾脏结构异常，在成人中非常常见，而且随着年龄的增长发病率会越来越高，大部分情况下对肾脏不会产生影响，只要定期随访即可。当肾囊肿直径大于五公分或压迫周围组织，对肾功能产生影响时，需要手术处理。
多囊肾是一种遗传性疾病，有一部分患者可以出现高血压，迅速发展为肾衰竭，进入尿毒症期而进行透析，往往多囊肾患者还会伴发多囊肝，容易出现肾功能的不全。多囊肾没有很好的治疗方式，主要是防止感染、出血，防止碰撞。
因此，多囊肾和肾囊肿在病因、分布以及治疗预后上有都有所不同。多囊肾预后比较差，肾功能会逐渐的恶化，最后发展成为肾功能衰竭，肾囊肿预后比较好，发展成为肾功能衰竭的非常少。
