抗生素是肾炎肾炎的主要治疗药物，包括氟喹诺酮类、头孢菌素类、青霉素类等。对于首次发作的患者，一般可以给予对大肠杆菌有效的抗生素，72小时后可以根据治疗效果来评估是否续用;感染严重者或反复发作者应该选用敏感药物。
一、药物治疗
肾盂肾炎的药物治疗以抗感染为主，当感染消除后，炎症也能得到缓解。针对细菌感染，临床上常用的抗生素有氟喹诺酮类、头孢菌素类、半合成青霉素类等，比如诺氟沙星、左氧氟沙星、头孢克污胶囊、头孢地尼、阿莫西林、克拉维酸钾等。
急性肾盂肾炎首次发作，大多是大肠杆菌感染所致，可以给予对大肠杆菌有效的抗生素，或者是广谱抗生素。如果是真菌感染所致，可以给予酮康唑、氟康唑等广谱抗真菌药。慢性肾盂肾炎急性发作者，可以按照急性肾盂肾炎的原则来处理。
二、选用敏感药物
急性肾炎肾炎首次发作，进行抗生素治疗3天后，需要根据治疗效果来评估是否继续使用;如果3天后症状没有改善，需要根据病原学检查和药敏实验来选择敏感的抗生素。对于感染严重、有败血症的患者，或者是反复发作的慢性肾盂肾炎患者，都需要通过尿细菌培养结果来选择敏感的抗生素进行治疗。
