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曾经能够有效治疗灰指甲的药物很少，基本没有特效药，但这种情况在近二三十年内已经得到了很大的改变。目前治疗灰指甲有很多常见的药物，也可以被称为灰指甲的特效药。特效药需要包括两个特点，第一是效果好，第二是安全性高。因为治疗灰指甲，需要服药的疗程较长，长时间服药可能会引起肝肾的损伤，所以对药物安全性要求很高。
目前比较推荐的灰指甲治疗药物有很多，其中内服药有伊曲康唑，它对引起灰指甲的各种皮肤癣菌、霉菌、酵母样菌等，都有很好的杀伤活性，而且副作用低。除了伊曲康唑外，还有特比萘芬，它对皮肤癣菌的杀菌力比伊曲康唑更好，但它的抗菌谱略窄，对于酵母样菌的效果稍差。此外，氟康唑等药物也能够有效治疗灰指甲。
