头孢和阿奇霉素虽然都是抗生素，但是在副作用方面还是有很大差别。两者相比较而言，阿奇霉素的危害更大一些。阿奇霉素对于肝肾方面的毒性和药物代谢的快慢是要比头孢副作用更大的，这也是为什么在临床上阿奇不如头孢使用广泛的原因。
1、肝肾毒性
阿奇霉素和头孢相比，比较显著的就是对于肝肾的毒副作用，虽然阿奇霉素和头孢都属于抗菌药，都有杀灭细菌的毒副作用，但是相比较之下，阿奇霉素的副作用更大一些，服用之后明显比头孢类药物，产生了更大的肝肾毒性，所以一般情况下，如果患者本身对于青霉素不过敏，是推荐使用头孢类药物而不是阿奇霉素的。
2、药物代谢慢
其次阿奇霉素的半衰期要比头孢长，这也就意味着服用阿奇霉素要比服用头孢花更长的时间去进行代谢消除。这一方面也为上述的肝肾毒性作出了一个角度的解释，另一方面因为半衰期长，代谢慢，所以更容易有药物残留、淤积产生的药物毒性，这一点还是要注意的。
3、耳毒性
在临床使用上，头孢类会被要求严格禁酒，除了这一点会造成意外之外，不良反应的案例比较少，而在使用阿奇霉素的患者身上，有出现听力减弱的案例，这也就证明了阿奇霉素是有一定的耳毒性的，所以实际上是不建议过小的儿童服用的，以免造成听力发育受阻。
