脂肪干细胞填充和脂肪填充的最大区别是填充材料有所不同。前者的材料是来源于脂肪组织的脂肪干细胞，而后者的材料是完整的脂肪细胞。脂肪干细胞适用于小面积的填充，比如皱纹填充。而自体脂肪可以填充较大的面积，比如全脸脂肪填充、丰胸等。
脂肪干细胞填充和自体脂肪填充都是常见的注射美容方式。两者的填充材料都来源于自体的脂肪组织，但具体成分有所差异。干细胞填充是从脂肪组织中分离出脂肪干细胞，然后通过特殊的干细胞仪器进行培养，最后注射到人体中。脂肪填充是从脂肪组织中提取脂肪细胞，通过离心器把其它杂质分离开来，最后将脂肪注射到人体中。
由于脂肪干细胞在脂肪组织中的含量较少，所以需要抽取很多的脂肪组织，才能分离出一点干细胞。因此脂肪干细胞填充的面积不会很大，适用于填充量较小的部位，比如填充皱纹，或者填充较小的面部凹陷。自体脂肪填充的面积可以相对大一些，比如丰额头、丰下巴、丰胸等。
相对来说，脂肪干细胞在皮下的存活率比较好，填充皱纹一般只需要1到2次;而脂肪填充一般就需要2-3次，并且2个月后就会吸收40%-60%左右。干细胞填充和脂肪填充对细胞分离技术的要求比较高，刚填充过后，皮肤会发红，会有轻微的疼痛感，如果感觉不适，及时去医院检查，以免延误治疗。
