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心肌炎的确诊主要从两个方面鉴别诊断，第一个方面是心肌炎的发生是否存在病原学的诊断依据，也就是心肌炎患者是否出现病毒感染的表现，第二个方面是通过心肌活检来进行确诊。
第三个方面是将心肌炎与其它疾病的鉴别诊断区分开来，比如区分风湿性心肌炎、中毒性心肌炎、先天性心脏病、结缔组织病以及代谢性疾病的心肌损害等。
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