目前在临床上，并没有可以治疗肝囊肿的特效药物。中药治疗对于肝囊肿具有一定的辅助治疗作用，但也没有确切的证据显示中药可以治愈肝囊肿。较小的肝囊肿一般不需要治疗，只需要定期随访观察;较大的囊肿如果引起明显不适，主要是采用手术治疗。
在临床上，针对肝囊肿很少用到药物治疗，因为并没有可以直接治愈肝囊肿的药物。较小的肝囊肿，一般是采用随访观察的方式来注意囊肿的发展;而较大的肝囊肿如果引起了腹痛等明显不适症状，则主要采用手术治疗。
肝囊肿患者也可选择中医中药调理，中医可以使用郁金、桂枝和茯苓等中药材熬制汤剂，或者使用桂枝茯苓丸和沙麦膏等中成药，有助于疏肝理气，祛除湿邪，使得瘀滞的气血恢复正常运行，从而对肝囊肿患者起到一定的预防和辅助治疗效果。
肝囊肿患者在目前来说不用太过于关注药物治疗，也不用过于担心肝囊肿的危险性，因为大多数的肝囊肿是良性病变，而且生长速度缓慢，对患者本身是没有明显影响的。据统计，在所有肝囊肿患者中，只有5%需要进行治疗，而治疗方式以手术为主。
