不存在所谓肝囊肿的最好治疗方法，大部分肝囊肿患者不需要治疗，只要定期随访观察;小部分肝囊肿患者因为囊肿直径较大、位置特殊以及合并感染等并发症，引起了患者明显的不适，需要考虑手术治疗。因此只能说根据患者的病情制定最合理的治疗方案。
大部分的肝囊肿患者属于先天性的肝内胆管发育异常所致，而且囊肿较小，生长速度缓慢，患者一般没有明显不适，因此这种类型的肝囊肿危险性较小，不需要进行治疗，只要定期复查，观察囊肿的发展。当然，患者也可以在中医指导下使用疏肝理气、活血化瘀的中药进行调理，可以预防囊肿继续增大。
小部分的肝囊肿因为囊肿直径较大、位置特殊以及合并感染等并发症，引起了患者明显的不适，具有一定的危险性，因此需要考虑手术治疗，比如腹腔镜肝囊肿开窗引流术。此时，手术治疗可以起到良好的治疗效果，绝大多数可以治愈，因此对于这部分的患者来说，最佳的治疗方法就是手术治疗。
但也有部分患者因为年老体弱或者重要脏器功能不全，因此不能耐受手术，只能考虑超声引导下穿刺引流，对于这部分的患者来说，由于容易复发，常需要反复多次抽液，而且治疗效果较差，只能减轻压迫状况。由此可见，肝囊肿患者不存在所谓的最好治疗方法，只能根据患者具体的病情制定最合适的治疗方案。
