肝囊肿大多是良性病变，一般也不会导致严重的后果，因此危险性较小。在所有肝囊肿患者中，大约90%为先天性胆管发育异常所致，可终生无明显症状。小部分患者可能因囊肿压迫邻近组织产生腹部不适等表现，另外巨大囊肿或合并感染等并发症时会出现明显不适。
目前认为大部分肝囊肿是先天性的胆管发育异常所致，这种类型的肝囊肿大约占到90%，囊肿生长缓慢，患者大多长期没有症状，甚至终生不出现明显症状。因此患者只要定期复查，并且积极改善生活习惯，做好预防工作，危险性是很小的，几乎不会因为囊肿本身而产生任何危害。
虽然先天性的肝囊肿危害性较小，但如果囊肿发展到比较大的地步，也是存在一定危害。比如说囊肿直径超过5厘米时，有可能压迫到胆总管、胃肠道、血管等重要组织，因此会产生腹痛、腹胀、食欲下降、恶心呕吐和黄疸等不适表现。如果囊肿直径超过10厘米，被称为巨大囊肿，可引起腹部膨胀不适、隐痛和钝痛等表现。
另外，小部分的肝囊肿是因为炎症、创伤和寄生虫等因素而引起，这一类型的肝囊肿危害相对大一些。比如说，囊肿可因为合并炎症而产生疼痛、腹部不适等不适症状。囊肿可因为囊内破裂出血而表现出突发性的剧烈腹痛;寄生虫可以在肝内移行，如穿入胆管可引起胆管炎。
