肝囊肿的症状取决于囊肿的大小、位置、病因等多种因素。对于非寄生虫性的肝囊肿来说，囊肿较小一般没有明显的症状，甚至终生没有症状，囊肿较大时可引起右上腹不适、隐痛、腹胀和食欲减退等症状;对于寄生虫性肝囊肿可引起腹胀、腹痛、呼吸困难和过敏等表现。
肝囊肿大部分为非寄生虫性的囊肿，分为先天性、创伤性、炎症性和肿瘤性等多种类型。非寄生虫性肝囊肿大多是良性病变，在囊肿较小时不会引起明显症状，患者可以长期甚至终生没有症状，仅在体检时偶然发现;当囊肿较大时可能出现肝肿大、右上腹不适、隐痛、腹部包块、食欲下降、餐后饱胀和恶心呕吐等症状，这是由于囊肿引起肝功能异常或压迫到消化道所致。
少数患者的肝囊肿位于肝门附近，压迫到肝管或胆总管，导致肝红素代谢障碍，可能引起轻微的黄疸表现;如果肝囊肿合并了微生物感染、囊肿破裂出血或扭转，可出现发热、畏寒和突发性的腹部剧痛等表现。也有少数患者的囊肿与胆道相通，引起细菌逆行性感染，从而导致胆管炎症。
寄生虫性肝囊肿相对少见，主要有肝包虫囊肿，多见于我国内蒙和西藏等地区。患者在初期的症状大多不明显，随着囊肿增大可能出现上腹部包块、腹胀和腹痛等表现。如果囊肿位于右上肝区，可因膈肌抬高导致呼吸困难或呼吸急促等呼吸系统异常表现;另外，许多患者在感染寄生虫后曾出现过敏反应。
